کارشناسان مجرب این آزمایشگاه کلیه آزمایش‌ها را براساس دستورالعمل‌های به روز آزمایشگاه مرجع سلامت وزارت بهداشت کشور، تحت نظارت مسئول فنی انجام می‌دهند. در تمام بخش‌ها، برنامه‌های کنترل کیفی جامع و مداومی بر اساس الزامات آزمایشگاه مرجع سلامت و استانداردهای بین‌المللی مورد تایید آن آزمایشگاه تدوین گردیده است. طرح‌ریزی این برنامه با توجه به تعداد و تنوع آزمایش‌ها، روش‌های سنجش و همین‌طور دستگاههای موجود در بخش صورت گرفته است. برنامه کنترل کیفی هر بخش جهت تایید صحت و دقت نتایج خروجی از آن بخش در ابتدا، میانه و انتهای کار روزانه طراحی شده و عملکرد دستگاهها، اپراتور، محلولها و مواد مصرفی در بخش در تمام زمانهای انجام آزمایش روزانه تحت کنترل می‌باشد. این برنامه با نظر کارشناسان آزمایشگاه مرجع سلامت وزارت بهداشت، کتب مرجع و سایت‌های بین‌المللی، و تایید مسئول فنی آزمایشگاه به صورت برنامه‌های روزانه، هفتگی، ماهانه و سالانه ترتیب داده شده و تمام روال کاری بخش را در بر می‌گیرد. در نهایت برنامه‌های کنترل کیفی و تضمین کیفیت اجرا شده در آزمایشگاه، توسط ممیزان وزارت بهداشت کشور تایید گردیده و در این راستا لوح کیفیت به این مرکز اهدا گردید.