بخش بیوشیمی ادرار در هر دو شیفت کاری آزمایشگاه فعال می‌باشد و نمونه‌ها‌ی بیماران حداکثر با فاصله‌ی دو ساعت از زمان نمونه‌گیری، مورد آزمایش قرار می‌گیرد. انجام آزمایش های مربوط به این بخش در دو شیفت کاری و توسط دو پرسنل مجزا انجام می شود. 

انجام آزمایش‌ها به روش‌های معمول و براساس استانداردهای اعلام شده از سوی آزمایشگاه مرجع سلامت و استانداردهای به روز آزمایشگاهی صورت می‌گیرد.

از آنجا که در این آزمایشگاه جهت نمونه آنالیز وکشت ادرار دو ظرف جداگانه به مراجعین داده می‌شود نمونه‌هایی که از نظر پروتئین، قند، خون و سایر متابولیتهای نادر، مثبت باشند، بار دیگر از طریق نمونه کشت آن چک خواهد شد. این هماهنگی بین بخشها از طریق چک کردن نتایج آنالیز ادرار با بخش بیوشیمی خون در اندازه گیری پروتئین ادرار به روش کمی نیز برقرار می‌باشد.

مانند سایر بخش‌ها، در این بخش نیز برنامه‌های کنترل کیفی با توجه به تعداد و تنوع آزمایش‌های بخش در نظر گرفته شده است که توسط مسئول مربوطه در بخش، سوپروایزر و مسئول فنی کنترل می‌گردد.