انجام آزمایش‌ها به روش‌های معمول و براساس استانداردهای اعلام شده از سوی آزمایشگاه مرجع سلامت و استانداردهای به‌روز آزمایشگاهی و حداکثر با فاصله‌ی دو ساعت از زمان نمونه‌گیری در هر دو شیفت کاری و توسط دو پرسنل مجزا انجام می‌شود. 

از آنجا که در این آزمایشگاه برای نمونه آنالیز و کشت ادرار دو ظرف جداگانه به مراجعین داده می‌شود نمونه‌هایی که از نظر پروتئین، قند، خون و سایر متابولیت‌های نادر، مثبت باشند برای بار دوم نیز از طریق نمونه کشت آن چک خواهد شد. این هماهنگی از طریق چک کردن نتایج آنالیز ادرار با بخش بیوشیمی خون در اندازه گیری پروتئین ادرار به روش کمی نیز برقرار است.

برنامه‌های کنترل کیفی در این بخش نیز مانند سایر بخش‌ها، با توجه به تعداد و تنوع آزمایش‌های بخش در نظر گرفته شده است که توسط مسئول بخش، سوپروایزر و مسئول فنی کنترل می‌شود.